Genom Dizileme Türleri Nelerdir?

Genom Dizileme Türleri Nelerdir?

Tüm Genom Dizileme Nedir?

Bir organizma genomunda mevcut olan tüm DNA zincirlerinin dizilenmesi uygulamasına “tüm genom dizileme” denilmektedir.

De novo dizileme;

Bir organizma türünün genomunun ilk defa dizilenmesi uygulamasıdır.  Bu sebeple elde referans genom bulunması söz konusu değildir.

Yeniden dizileme;

Yeniden dizileme işlemlerinde, genomu dizilenmiş olan canlı türünün farklı örneklerinin genomlarının dizilenmesidir. Birleştirme uygulaması, mevcut referans genomları şablon olarak kullanılabilir. Yeniden dizileme işleminin amacı, aynı tür üyeleri arasındaki genom farklılıklarının değerlendirilmesidir.

Hedeflenmiş Genom Dizileme;

Hedeflenmiş genom dizileme, genom içinde ilgilenilen spesifik alanlara odaklanılarak, yalnızca ilgili bölümlerin dizilenmesi anlamına gelmektedir.

Hedeflenmiş dizileme en çok;  SNP’lerin aranmasında kullanılır. SNP’ler DNA dizilimindeki tek baz farklılıklardır. Aramızdaki genetik varyasyonların en yaygın şekilde karşılaşılan türüdür.

Hedeflenmiş dizileme, dizileme projeleri için gereken maliyetten ve zamandan tasarruf sağlar. Bunun dışında, genomun belirli bölgelerinin derinlemesine araştırılmasını da sağlar.

Ekzom Dizileme Nedir?

Ekzom, genomun ekzonlardan oluşan kısmı olarak tanımlanır ve insan bedeninde proteinlerin üretilmesi için gereken bölgeleri kapsar. Ekzom dizileme, bir tür hedeflenmiş dizileme yöntemidir. Bu yöntemle sadece genomdaki genlerin ekzonik bölgeleri dizilenir.

İnsan genlerinin %2’sinden daha azı protein kodlayan anlamlı bölgeyi oluşturur. Ekzom dizileme bu nedenle genomun çok küçük bir bölümüne bakmaktır. Bu bölümler DNA’nın hastalıklarla ilişkili olma olasılığı yüksek bölümleri yani genlerdir.

Araştırma yapan uzmanlar kimi zaman yalnızca genlerin dizilenmesine odaklanarak hastalıklarla ilgili bilgilere daha hızlı ulaşabilirler. Ekzom dizileme, tüm genom dizilemeden daha hızlı bir yöntem olmakla beraber maliyeti de daha düşüktür.