Tüm Ekzom Dizileme

Tüm Ekzom Dizileme

Ekzom (insan genomunun protein kodlama bölgesi), genetik kodun % 2’sinden daha azını temsil eder, ancak Tüm ekzom dizileme, tüm genom dizilemesine göre maliyet-etkin bir alternatif haline getiren özelliği ekzom bölgesinin aslında bilinen mutasyonların yaklaşık % 85 oranında içermesidir. Bir seferde bir geni veya ilgili gen gruplarını analiz eden mevcut sekanslama testlerinin aksine, Tüm Exome Sekanslama testi, yeni nesil sekanslama tekniklerini kullanarak binlerce genin ekzonlarını veya kodlama bölgelerini aynı anda analiz edebilmektir.

Tüm Ekzom Sekanslamanın Avantajları

  • Daha düşük maliyet
  • Yüksek Kapsayıcılık ve Coverage (~100X)
  • Tek nükleotid polimorfizm (SNP) varyantlarının tüm genom dizilemesi kadar duyarlı okunması
  • Tüm genom dizilemesine kıyasla daha hızlı ve daha kolay analiz için daha kullanılabilir bir veri sağlaması

DNALAB Tüm Ekzom Dizileme Metodları

Fragmanlara ayrılmış genomik DNA’nın konsensus kodlama bölgeleri yaklaşık olarak 340.000 prob kullanılarak, NextSeq platformunda (Illumina) işlenmek üzere kütüphanesi hazırlanır.

Son olarak, NextSeq platformundan çıkan veri baz sıralarının saptanması, düşük kaliteli ve hatalı okumaların filtrelenmesi ve varyantların anotasyonu gibi aşamalardan oluşan biyoinformatik sürece tabii tutulur.

Klinik değerlendirme için OMIM, ClinVar, Cosmic veri tabanlarında belirtilen tüm hastalık yapıcı varyantlar değerlendirilir. Protein fonksiyonunu etkileyen varyantlar öncelikli olarak incelenir ve fenotiple ilişkisi göz önünde bulundurularak rapor edilir.

Tüm Ekzom Dizileme Kısıtlamaları

Tüm ekzom dizileme yöntemi dahil yeni nesil dizileme teknolojilerinin, %5-10 civarında yalancı pozitiflik oranı vardır. Buna bağlı olarak, yeni nesil dizilemeyle elde edilen klinik açıdan önemli varyantlar, varyantın gerçek pozitif olduğunu belirlemek amacıyla Sanger dizileme yöntemi ile doğrulanır.  DNA Laboratuvarlarının Sanger dizileme sistemi, bu varyantların doğrulanması ve yorumlanması için optimize edilmiştir.

Test sonuçları; klinik bulgular, aile geçmişi ve diğer laboratuvar verileri bağlamında yorumlanır ve sadece hastanın klinik bulgularıyla ilişkili olan genlerdeki varyasyonlar rapor edilir. Verinin eksik veya hatalı olma durumunda, sonuçların yanlış yorumlanabilme ihtimali vardır. Bununla beraber, seyrek polimorfizmler pozitif sonuçlara sebep olabilir. Rapor edilmiş varyantlar, hastanın tüm semptomlarıyla ilişkili olacağı anlamına gelmez. Daha fazla klinik bulgu, daha doğru bir değerlendirme açısından önemlidir. Elde edilen sonuçların, klinik bulgular ile eşleşmediği durumlarda farklı testler düşünülebilir. Bulunan varyantların filtrelenmesi, daha fazla klinik bulgu ışığında yeniden yapılabilir.

Tüm Ekzom Dizileme hakkında detaylı bilgi için bizimle iletişime geçebilirsiniz.