Kapsamlı Genomik Profilleme (NGS) Nedir?

Tıp dilinde NGS (Next Generation Sequencing) yani Yeni Nesil Dizileme olarak adlandırılan bu yöntem, tümörün tüm genetik haritasının tek seferde detaylıca çıkarılması işlemidir. Klasik ve eski yöntemlerde sadece şüphelenilen tek bir gene veya birkaç gene bakılırken, kapsamlı genomik profilleme sayesinde yüzlerce gen aynı anda ve eş zamanlı olarak analiz edilir.

Bu testin “kapsamlı” olarak adlandırılmasının temel nedeni, sadece bilinen en yaygın mutasyonları değil, aynı zamanda nadir görülen ve tedaviyi doğrudan etkileyebilecek tüm genetik değişimleri tek bir analizde ortaya koyabilmesidir. Böylece, hekime hastanın tümör biyolojisi hakkında eksiksiz bir moleküler fotoğraf sunulur ve NGS ile kanser tedavisi en doğru veriler ışığında planlanır.

Tedavi sürecinize yön verecek kapsamlı genomik profilleme testleri hakkında bilgi almak için [bize ulaşın].

NGS ile Genomik Profilleme Nasıl Çalışır?

Laboratuvarlarımızda yüksek teknolojiyle yürütülen bu ileri düzey analiz süreci, birbirini kusursuz şekilde takip eden altı kritik adımdan oluşur:

Adım 1: Tümör Örneği Analiz için öncelikle kanserli hücrelere ihtiyaç vardır. Bu hücreler genellikle hastadan önceden alınmış doku biyopsisi veya ameliyat materyalinden (patoloji bloklarından) elde edilir. Doku alınamayan durumlarda ise kandan alınan likit biyopsi örneği de kullanılabilir. Analizin başarısı için gönderilen örneğin kalitesi ve içerdiği tümör hücresi miktarı son derece önemlidir.

Adım 2: DNA/RNA İzolasyonu Laboratuvara ulaşan örnekten, tümör hücrelerinin içindeki genetik materyal (DNA ve RNA) büyük bir hassasiyetle ayrıştırılır (izole edilir). Bu aşamada, izole edilen genetik materyalin dizileme cihazları için yeterli miktar ve kalitede olduğundan emin olmak adına sıkı kalite kontrol süreçleri uygulanır.

Adım 3: Kütüphane Hazırlama Elde edilen DNA parçaları, özel kimyasallarla NGS cihazlarında okunabilecek formata getirilir; bu işleme kütüphane hazırlama denir. Hastanın klinik durumuna göre hedeflenen genlerin seçimi yapılır (örneğin 500 genlik geniş bir panel bazlı yaklaşım veya tüm ekzom sekanslaması tercih edilebilir).

Adım 4: Sekans Analizi Hazırlanan genetik materyal, yüksek performanslı NGS (yeni nesil dizileme) cihazlarına yüklenir. Bu ileri teknoloji cihazlar, milyonlarca DNA parçasını aynı anda, eş zamanlı olarak okur. İşlem sırasında genellikle 300 ila 500 arasında kanserle ilişkili gen detaylıca dizilenir.

Adım 5: Biyoinformatik Değerlendirme Cihazdan çıkan devasa boyuttaki genetik veri, yapay zeka destekli biyoinformatik yazılımlarla analiz edilir. Tümördeki mutasyonlar tespit edilir ve bu mutasyonların klinik anlamlılık değerlendirmesi yapılarak, hangi hedefe yönelik ilaçların bu tümörde işe yarayabileceği saptanır.

Adım 6: Raporlama (14-21 gün) Tüm sürecin sonunda, onkoloğunuza sunulmak üzere detaylı bir moleküler onkoloji raporu hazırlanır. Bu raporda tespit edilen genetik mutasyonlar, bu mutasyonlara uygun güncel hedefe yönelik kanser tedavisi seçenekleri ve hastanın katılabileceği mevcut klinik araştırma uygunluk bilgileri yer alır.

NGS analiz sürecini başlatmak ve test talebinde bulunmak için [randevu formumuzu doldurun].

NGS Genomik Profilleme Hangi Kanserlerde Kullanılır?

NGS teknolojisi, özellikle solid (katı) tümörlerde ve standart tedavilere yanıt vermeyen ileri evre kanserlerde hedefe yönelik tedavi planlaması yapmak için güçlü bir tıbbi araçtır. Kanserin türüne göre aranan mutasyon hedefleri değişiklik gösterir.

Başlıca kullanım alanları ve hedeflenen genetik değişimler şunlardır:

Hastalığınıza uygun gen panellerini öğrenmek için [uzman onkoloji danışmanlarımızla görüşün].

Kapsamlı Genomik Profilleme Kimlere Önerilir?

Tıbbi genetik dünyasında çok değerli olan bu analiz her hasta için rutin bir işlem değildir. Kapsamlı genomik profilleme, hekimlerin hastalığın klinik seyrini değiştirmek istedikleri spesifik durumlarda önerilir.

Bu test öncelikle ileri evre (metastatik) kanser hastaları için hayati bir öneme sahiptir. Ayrıca uygulanan standart kemoterapi veya radyoterapi tedavilerine yanıt vermeyen, hastalığı ilerlemeye devam eden kişilerde yeni tedavi kapıları aralamak için kullanılır. Nadir görülen bir kanser türü teşhisi alan hastalar ile 50 yaşın altında, beklenenden çok daha genç yaşta kanser tanısı alan bireyler de bu analiz için uygun adaylardır.

Ailesel kanser öyküsü çok güçlü olan kişilerde genetik zemini anlamak, devam eden klinik araştırmalara (deneme ilaçlarına) katılmak isteyen hastalarda uygunluğu belirlemek ve onkologların ikinci veya üçüncü hat kanser tedavisi planlaması yapması gerektiği durumlarda kapsamlı genomik profilleme güçlü bir şekilde tavsiye edilir.

Kapsamlı genomik profilleme her kanser hastası için anında gerekli değildir. Testin ne zaman yapılacağına, onkoloğunuz hastalığınızın mevcut evresi, tedavi geçmişiniz ve gelecekteki tıbbi hedeflerine göre karar vermelidir.

NGS ile Elde Edilen Bilgiler

Tümörün genetik şifresinin çözülmesiyle elde edilen rapor, hekimlere kanser tedavisi için eşsiz veriler sunar.

Mutasyon Analizi: Analiz sonucunda, kanseri doğrudan büyüten ve yönlendiren “sürücü mutasyonlar” (driver mutations) ile hastalığın ilerlemesinde doğrudan rol oynamayan “pasif mutasyonlar” (passenger mutations) birbirinden ayırt edilir. Raporda, sadece hangi mutasyonların gerçek bir tedavi hedefi olduğu net bir şekilde belirtilir.

Hedefe Yönelik Tedavi Seçenekleri: Saptanan sürücü mutasyonlara karşı kullanılabilecek FDA/EMA onaylı akıllı ilaçlar (hedefe yönelik ilaçlar) listelenir. Ayrıca, başka bir kanser türü için onaylanmış ancak hastanın mutasyonuna uygun olabilecek “off-label” kullanım fırsatları ve kombinasyon kanser tedavisi potansiyelleri onkoloğa sunulur.

Klinik Araştırma Uygunluğu: Eğer hastanın genetik profiline uygun henüz onaylanmamış ancak deneme aşamasında olan yeni nesil ilaçlar varsa, dünya genelinde devam eden bu klinik çalışmalar ve deneysel ilaçlara erişim yolları raporlanır.

Prognoz (Hastalık Seyri) Bilgisi: Sadece mutasyonlar değil, immünoterapi (bağışıklık tedavisi) gibi yenilikçi tedavilere uygunluğu gösteren TMB (tümör mutasyon yükü), MSI (mikrosatellit instabilite), PD-L1 ekspresyonu ve HRD skoru (DNA onarım eksikliği) gibi hayati biyobelirteçler de hesaplanarak raporlanır.

Kapsamlı Genomik Profilleme Fiyatları

Hastalarımızın test sürecini planlarken en çok merak ettiği konulardan biri de NGS maliyetleridir. Ancak yüksek teknolojili bu analizlerde sabit bir rakam vermek mümkün değildir çünkü fiyatı belirleyen pek çok tıbbi değişken bulunmaktadır.

Kapsamlı genomik profilleme maliyeti öncelikle analiz edilecek gen sayısına bağlıdır; 50 genlik dar bir panel mi, 500 genlik geniş bir panel mi yoksa tüm genleri kapsayan tüm ekzom sekanslaması mı yapılacağı fiyatı doğrudan değiştirir. Analizin hastanın dokusundan mı yoksa kanından (likit biyopsi) mı çalışılacağı, sadece DNA değil aynı zamanda RNA sekansının da dahil edilip edilmeyeceği maliyeti etkiler. Hastanın tümör analiziyle birlikte germline (kalıtsal) kanser riskini de öğrenmek isteyip istememesi ve klinik aciliyet gerektiren durumlarda talep edilen hızlandırılmış acil sonuç hizmetleri de fiyatlandırmada önemli faktörlerdir.

Tüm bu klinik gereksinimler nedeniyle NGS fiyatları, seçilen panel kapsamına göre önemli ölçüde değişir. Kesin maliyet için hastanın mevcut durumunun genetik danışman eşliğinde bireysel olarak değerlendirilmesi gerekir.

Güncel kapsamlı genomik profilleme fiyatları ve size uygun olan gen paneli bilgisi için [hemen iletişime geçin].

NGS ile Klasik Testlerin Farkı

Onkolojide uzun yıllardır kullanılan yöntemler ile modern NGS teknolojisi arasında, hastanın tedavi şansını doğrudan etkileyen devasa farklar bulunmaktadır.

Klasik tek gen testlerinde (örneğin PCR veya Sanger dizileme), tümörden alınan örnekte her seferinde sadece şüphelenilen bir gene veya çok kısıtlı bir gen bölgesine bakılır. Eğer ilk bakılan gende mutasyon bulunamazsa, süreç baştan başlatılarak ikinci bir gen için tekrar test istenir. Bu “sıralı test stratejisi”, zaten zamanla yarışan kanser hastası için hem çok zaman alıcı hem de toplamda oldukça maliyetli bir yoldur. Ayrıca bu eski yöntemlerle sadece en bilindik mutasyonlar aranır; hastanın hayatını kurtarabilecek nadir mutasyonlar maalesef atlanabilir.

Buna karşın kapsamlı NGS profilleme yönteminde yüzlerce gen aynı anda ve tek seferde analiz edilir. Hastanın tümörüne ait tüm mutasyon haritası tek bir testle masaya yatırılır. Bu sayede klasik yöntemlerin gözden kaçırabileceği nadir ve beklenmedik mutasyonları yakalama şansı çok yüksektir. Sürekli yeni örnek gönderip beklemek yerine, tek seferde sonuç alındığı için NGS yöntemi kanser tedavisi planlamasında hem zaman hem de maliyet açısından çok daha etkindir. Üstelik geniş paneller, tümördeki mutasyonların yanı sıra hastanın genetiğinden gelen kalıtsal mutasyonları da gösterebilme yeteneğine sahiptir.

Genomik Profilleme Sonrasında Ne Olur?

Laboratuvar süreci tamamlandıktan sonra, elde edilen verilerin hastanın faydasına dönüştürülmesi için multidisipliner bir çalışma başlar.

Rapor Değerlendirmesi: Çıkan kapsamlı analiz raporu, sadece bir kağıt parçası olarak bırakılmaz; moleküler onkoloji kurulu toplantılarında detaylıca incelenir. Hastanın medikal onkoloğu ve tıbbi genetik danışman birlikte değerlendirme yaparak, rapordaki yüzlerce veri içinden “actionable” yani doğrudan müdahale edilebilir ve hedefe yönelik tedavi edilebilir mutasyonları belirler.

Tedavi Planlama: Kurulun belirlediği hedefler doğrultusunda, hastanın genel sağlık durumu da göz önüne alınarak en uygun akıllı ilaç seçimi yapılır. Gerekirse birden fazla ilacın kullanılacağı kombinasyon tedavi stratejileri oluşturulur veya hasta uluslararası klinik araştırmalara yönlendirilir.

Takip: Kapsamlı genomik profilleme ile başlayan bu süreç, kanser tedavisi boyunca devam eder. Başlanan tedavinin tümörü ne kadar küçülttüğünü izlemek veya zamanla oluşabilecek yeni ilaç direnç mutasyonlarını erkenden tespit etmek için likit biyopsi tekrarları planlanır. Direnç gelişmesi durumunda, elde edilen bu yeni genetik verilerle ikinci hat tedavi planlamasına hızla geçilir.

Kapsamlı genomik profilleme sonuçlarınızı uzmanlarımızla değerlendirmek için [randevu alın].

Sıkça Sorulan Sorular (SSS)

Kapsamlı genomik profilleme ile likit biyopsi arasındaki fark nedir? Kapsamlı genomik profilleme, tümörün gen haritasını çıkaran geniş çaplı bir testTİR; likit biyopsi ise bu testi yapmak için kandan örnek alma yöntemDİR. Genomik profilleme hem katı doku örneğinden hem de kan (likit biyopsi) örneğinden yapılabilir. NGS ise bu profillemeyi yaparken yüzlerce geni aynı anda analiz eden teknolojinin kendisidir.

NGS test sonucu kaç günde çıkar? Standart olarak çalışılan kapsamlı NGS panellerinin analizi ve raporlanması ortalama 14 ila 21 gün sürer. Eğer tüm genleri inceleyen daha detaylı bir “tüm ekzom sekansı” istenmişse bu süre 21-30 günü bulabilir. Hastanın acil kanser tedavisi kararı beklemesi gibi durumlarda hızlandırılmış 7-10 günlük hizmet seçenekleri de değerlendirilebilir.

Her hastada tedavi edilebilir mutasyon bulunur mu? Hayır, maalesef her hastanın tümöründe akıllı ilaçla vurulabilecek bir hedef bulunmaz. Yapılan analizlerde, hastaların yaklaşık %30-50’sinde FDA/EMA onaylı bir ilaca doğrudan yönlendiren “hedeflenebilir” bir mutasyon bulunur. Ancak test aynı zamanda klinik araştırma fırsatlarına katılım şansını da önemli ölçüde artırır.

Kapsamlı genomik profilleme erken evre kanserde yapılır mı? Genel onkoloji pratiğinde hayır, erken evrelerde rutin olarak kullanılmaz. NGS genellikle hastalık vücuda yayılmışsa (ileri evre veya metastatik) önerilir. Erken evre kanserlerde tüm haritayı çıkarmak yerine, BRCA veya belirli genler gibi hastalığa daha spesifik olan, hedefe yönelik dar testler tercih edilir.

NGS ile kalıtsal kanser riski de anlaşılır mı? Evet, eğer hastanın doktoru test paneline “germline” (kalıtsal) analizi de dahil etmişse anlaşılabilir. Tümörden elde edilen genetik veri ile hastanın sağlıklı dokusundan (örneğin kandan) alınan verinin karşılaştırması yapılarak BRCA1/2, Lynch sendromu gibi aileden geçen kalıtsal mutasyonlar tespit edilebilir.

NGS raporu sigortaya ibraz edilebilir mi? Evet edilebilir. Detaylı olarak hazırlanan moleküler onkoloji raporu ve tespit edilen hedefe yönelik mutasyonlar, akıllı ilacın karşılanması amacıyla özel sağlık sigortalarınıza ve belirli yasal durumlarda SGK’ya bilimsel bir kanıt olarak sunulabilir. Ancak ilacın veya testin geri ödemesinin yapılıp yapılmayacağı tamamen sigorta şirketinizin poliçesine bağlıdır.

Test sonucunda hedefe yönelik ilaç bulunamazsa ne olur? Eğer raporda kullanılabilir bir akıllı ilaç hedefi çıkmazsa, onkoloğunuz hastalık için belirlenmiş mevcut standart kemoterapi veya radyoterapi protokollerine devam eder. Ancak unutmayın ki rapor sadece ilaç mutasyonlarını değil; TMB, MSI gibi bağışıklık sistemini güçlendiren immünoterapi belirteçlerini de raporlar, bu da hastaya yepyeni başka tedavi seçenekleri sunabilir.