WES testi nedir ve nasıl yapılır? Nadir hastalıkların genetik hastalık tanısı hakkında detaylı bilgi ve randevu için iletişime geçin.

Tıbbi genetikte devrim yaratan WES testi (tüm ekzom dizileme), nadir genetik hastalıkların tanısında kritik bir rol oynar. Klasik yöntemlerle yıllarca bulunamayan sendromlar için WES testi en güçlü araçlardan biridir. Ülkemizde 3 milyondan fazla nadir hastalık hastası olduğu tahmin edilmektedir ve doğru genetik hastalık tanısı süreçlerinin hızlanması hayati önem taşır. Tüm ekzom dizileme teknolojisi, karmaşık ve açıklanamayan vakaların genetik düzeyde aydınlatılmasını sağlar. Daha net bir tanı ve kapsamlı bir değerlendirme süreci için uzman ekibimizden genetik danışmanlık randevusu alabilirsiniz.

WES TESTİ Nedir?

Genetik Hastalık Tanısı

Tüm Ekzom Dizileme (WES)

İnsan DNA’sının yalnızca protein kodlayan %1-2’lik kısmının detaylı olarak analiz edilmesidir. Bilinen genetik hastalıkların %85’i bu kritik bölgelerde saklıdır.

Ekzonlar (Protein Kodlayan Bölgeler)

Hastalık yapıcı mutasyonların bulunduğu, WES testinin özel olarak odaklandığı ve dizilediği aktif DNA alanlarıdır.

İntronlar (Kodlamayan Bölgeler)

Hastalıkla ilişkisi düşük olan ve WES testi analizinde filtrelenerek dışarıda bırakılan ara bölgelerdir.

🧬
🧬
🧬

Ekzon Odaklaması

WES (Whole Exome Sequencing – Tüm Ekzom Dizileme), insan genomundaki protein kodlayan bölgelerin, yani ekzonların kapsamlı bir şekilde incelenmesi işlemidir. İnsan DNA’sında ekzonlar tüm genetik materyalin yalnızca yüzde 1-2’lik bir kısmını oluştursa da, bilinen hastalıkların yaklaşık yüzde 85’i bu bölgelerdeki mutasyonlardan kaynaklanır. Bu nedenle WES testi, yaklaşık 20.000 genin protein kodlayan bölgelerini tek seferde analiz ederek hızlı ve etkili bir genetik hastalık tanısı koyma aracıdır.

WES testi sürecinde NGS (Yeni Nesil Dizileme) teknolojisi kullanılır. Bu yüksek kapasiteli yöntem, öncelikle laboratuvar ortamında hedef bölge zenginleştirmesi (capture) işlemi ile sadece ekzonları hedef alır ve protein kodlamayan intron (ara bölge) kısımlarını atlar. Tüm ekzom dizileme işleminde genellikle 50-100x coverage (dizileme derinliği) oranlarına ulaşılarak hedeflenen genlerin defalarca ve yüksek hassasiyetle okunması sağlanır.

Tüm genomun incelenmesine kıyasla WES testi çok daha ekonomik ve hızlı sonuçlanan bir yaklaşımdır. Çünkü hastalık yapıcı genetik varyantların büyük çoğunluğu bu yüzde 1-2’lik dilimde yer alır ve okunan veri miktarının nispeten daha az olması, laboratuvardaki biyoinformatik analiz sürecini çok daha yönetilebilir kılar. Uzman görüşü almak ve WES testi sürecini başlatmak için hemen bizimle iletişime geçebilirsiniz.

WES Testi Ne Zaman Kullanılır?

WES testi özellikle genetik kökenli olduğu düşünülen ancak klasik testlerle tanı konulamayan hastalıklarda altın standart olarak kabul edilir. Karmaşık klinik tabloların aydınlatılmasında şu durumlarda tercih edilmektedir:

Klinik tablonuza uygun bir genetik hastalık tanısı süreci planlamak için genetik danışmanlarımızla görüşebilirsiniz.

WES Testi Nasıl Yapılır?

Adım 1: Genetik Danışmanlık (Zorunlu) Tüm ekzom dizileme öncesi tıbbi genetik uzmanı ile görüşmek zorunludur. Hastanın klinik tablosu değerlendirilir, eski testler incelenir ve WES testinin o hasta için uygun olup olmadığına karar verilir. Aile öyküsü analizi yapılarak, olası genetik sonuçların hasta ve ailesi üzerindeki etkileri tartışılır.

Adım 2: Örnek Alma Probant (hasta) için koldan 5-10 ml kan örneği alınması yeterlidir. Eğer trio analizi (anne-baba-çocuk) yapılacaksa ebeveynlerden de kan istenir; duo analizinde ise hasta ve bir ebeveynden örnek alınır. Solo analizlerde ise sadece hastanın kan örneği ile sürece devam edilir.

Adım 3: DNA İzolasyonu ve Kalite Kontrol Alınan kan örneklerinden özel laboratuvar yöntemleriyle genomik DNA çıkarımı gerçekleştirilir. Elde edilen materyalin tüm ekzom dizileme için uygun olup olmadığını anlamak adına DNA kalitesi ve miktarı ölçülür. Yeterli DNA elde edilemediğinde kan verme işleminin tekrarlanması gerekebilir.

Adım 4: Ekzom Zenginleştirme (Capture) DNA parçalandıktan sonra, yaklaşık 20.000 genin protein kodlayan bölgelerinin hedeflenmesi işlemine geçilir. Laboratuvarda özel capture kitleri (Illumina, Agilent vb.) kullanılarak sadece bu ekzon bölgeleri çoğaltılır ve dizilemeye hazır kütüphane oluşturulur.

Adım 5: NGS Dizileme Zenginleştirilen örnekler, yüksek kapasiteli dizileme platformlarına (NovaSeq, NextSeq vb.) yüklenir. WES testi sırasında belirlenen gen bölgeleri ortalama 50-100x coverage (dizileme derinliği) ile defalarca okunur. Böylece hedef genlerin dizilimi yüksek doğrulukla saptanır.

Adım 6: Biyoinformatik Analiz (14-21 Gün) Dizilemeden elde edilen veri, biyoinformatik yazılımlarla incelenerek varyant çağrısı (variant calling) yapılır. Sık görülen polimorfizmler elenir ve kalan mutasyonlar ACMG (Amerikan Tıbbi Genetik Koleji) kılavuzlarına göre patojenik (P), muhtemel patojenik (LP) veya VUS (belirsiz) olarak sınıflandırılarak hastanın kliniğiyle uyumu kontrol edilir.

Adım 7: Rapor ve Danışmanlık Sürecin sonunda detaylı bir genetik hastalık tanısı raporu oluşturulur. Tespit edilen mutasyonların klinik bulgularla ilişkisi, diğer aile bireyleri için tarama önerileri uzman hekim tarafından hastaya aktarılır. Olası tedavi yönetimi ve gelecekteki üreme planlaması için danışmanlık sağlanır.

Siz de WES testi sürecinizi planlamak ve kan örneği vermek için hemen başvurun.

WES Test Sonuçları Nasıl Yorumlanır?

TANI KOYUCU SONUÇ (Diagnostic Yield %25-50) WES testi sonucunda hastanın klinik şikayetlerini birebir açıklayan patojenik veya muhtemel patojenik bir mutasyon bulunması, işlemin başarıyla sonuçlandığı anlamına gelir. Bu duruma diagnostik verimlilik denir ve kesin genetik hastalık tanısı konulmasını sağlar. Hekimler bu net sonuca dayanarak hastanın tedavi seçeneklerini ve klinik takip planını çok daha isabetli şekilde netleştirebilir.

BELİRSİZ ÖNEME SAHİP VARYANT (VUS) Tüm ekzom dizileme sonucunda VUS (Belirsiz Öneme Sahip Varyant) raporlanması, hastanın DNA’sında bir mutasyon tespit edildiği ancak bunun hastalık yapıp yapmadığının kesin olarak bilinmediği anlamına gelir. Bu varyantlar hemen zararlı olarak etiketlenemez. Genellikle aile segregasyon analizi (ebeveyn taraması) yapılarak veya fonksiyonel çalışmalarla araştırılarak zaman içinde yeniden değerlendirilir.

NEGATİF / İNFORMATİF OLMAYAN SONUÇ WES testi sonucunun negatif çıkması, hastada hiçbir genetik hastalık olmadığı anlamına gelmez. Sadece tüm ekzom dizileme ile incelenen protein kodlayan bölgelerde, bilinen bir hastalık yapıcı mutasyon bulunamadığını gösterir. İntronik veya düzenleyici DNA bölgelerindeki mutasyonlar WES’le görülemeyeceğinden, şüphenin devam ettiği durumlarda tüm genom dizileme (WGS) seçeneği düşünülebilir. Gelecekte yeni genlerin tanımlanmasıyla mevcut verilerin tekrar analiz edilmesi de mümkündür.

İKİNCİL BULGULAR (Secondary / Incidental Findings) Analiz sırasında hastanın asıl şikayetiyle tamamen ilgisiz olan ancak medikal açıdan hayati önem taşıyan bulgular şans eseri tespit edilebilir. ACMG-59 gen listesinde yer alan BRCA1/2 veya Lynch sendromu genleri gibi hastalık riskleri bu gruba girer. WES testi öncesi genetik danışmanlık sırasında hastaya bu tür bulguları öğrenmek isteyip istemediği sorulur ve hasta kendi isteğiyle bu verileri öğrenebilir.

WES testi sonuçlarınızı uzman hekimlerimizle değerlendirmek ve danışmanlık almak için randevu oluşturabilirsiniz.

WES ile WGS (Tüm Genom Dizileme) Arasındaki Fark

Genetik hastalık tanısı sürecinde karşılaştırılan WES (Tüm Ekzom Dizileme) ve WGS (Tüm Genom Dizileme) testleri kapsam bakımından birbirinden ayrılır. WES testi, insan DNA’sının yalnızca protein kodlayan bölgeleri olan ekzonları hedefler. Bu alan tüm genomun yaklaşık yüzde 1-2’sine denk gelse de, 20.000 geni barındırır ve bilinen hastalıkların yaklaşık yüzde 85’ini kapsadığı için oldukça etkilidir.

Buna karşılık WGS testi, 3 milyar baz çiftinden oluşan insan DNA dizisinin yüzde 100’ünü inceler. WES’in atladığı protein kodlamayan intronları ve genlerin çalışma hızını belirleyen düzenleyici bölgeleri de baştan sona analiz eder. Kapsamının çok daha geniş olması, genlerdeki karmaşık yapısal varyantları ve mitokondriyal DNA mutasyonlarını daha kesin bir şekilde tespit etmesini sağlar.

Maliyet ve süre açısından bakıldığında tüm ekzom dizileme, WGS testine göre daha ekonomik ve çok daha hızlı analiz edilen bir yaklaşımdır. Daha az biyolojik veri üretildiği için biyoinformatik analiz kısmı daha hızlı yönetilir. Ancak WGS testi maliyetli olup, ürettiği devasa verinin işlenmesi daha uzun ve yoğun bir analiz süreci gerektirir.

Test seçimi yapılırken ilk basamak genetik hastalık tanısı arayışlarında genellikle pratikliği sebebiyle WES testi tercih edilmelidir. Ancak WES testi negatif çıkmasına rağmen klinik şüphe hala çok güçlüyse, yapısal varyasyon veya mitokondriyal hastalık şüphesi varsa o zaman WGS tercih edilir. İlerleyen süreçte CES/WGS hakkında detaylı bilgi için ilgili sayfamızı ziyaret edebilirsiniz.

Size en uygun genetik testi belirlemek için uzman hekimlerimize danışın.

WES Testi Kimlere Önerilir?

WES testi her genetik şüphe durumunda ilk tercih edilen test değildir; yalnızca belirli klinik kriterleri karşılayan hastalara önerilmektedir. Tek gen panelleri, karyotip analizi veya kromozom mikroarray gibi klasik genetik testlerin negatif çıktığı karmaşık vakalarda tüm ekzom dizileme son derece güçlü bir seçenektir. Hastada nadir veya atipik bir klinik tablo varsa, gelişimsel geriliğe dismorfik yüz hatları eşlik ediyorsa ve birden fazla organ sistemi tutulmuşsa WES testi öncelikli hale gelir. Ailesinde benzer tablolar bulunanlar, akraba evliliği geçmişi olanlar ve yenidoğan yoğun bakımda etiyolojisi bilinmeyen hastalıklarla mücadele eden bebekler bu test için en uygun aday profilleridir.

Öte yandan WES testi bazı durumlarda kullanıma uygun değildir. Eğer hekim hastada tek ve net bir genin bozukluğundan şüpheleniyorsa, o genin spesifik olarak incelenmesi daha doğru olup WES testi gereksiz bir işleme dönüşür. Hastalığın genetik değil de çevresel veya edinsel olduğu bilinen durumlarda test uygulanmaz. Klinik genetik şüphenin çok zayıf kaldığı vakalarda ve tamamen sağlıklı bireylerde sadece meraktan genel tarama amacıyla tüm ekzom dizileme yapılması tıbbi genetik etiği gereği önerilmemektedir.

Sizin veya çocuğunuzun klinik durumunun WES testi için uygunluğunu öğrenmek amacıyla ön görüşme randevusu alabilirsiniz.

WES Testi Fiyatları

WES testi maliyeti, sürecin nasıl planlandığına ve talep edilen laboratuvar hizmetlerinin kapsamına bağlı olarak değişiklik gösterir. Analizin yalnızca hastadan alınan kan ile (Solo analiz) mi yoksa anne, baba ve çocuğun birlikte dizilendiği (Trio analiz) yöntemle mi yapılacağı fiyatı belirleyen en büyük etkendir. Bunun yanında, kullanılan capture kitinin kalitesi, belirlenen dizileme derinliği (50x, 100x vb.) oranları ve biyoinformatik raporun detay seviyesi test maliyetini doğrudan etkiler. Acil durumlarda talep edilen hızlandırılmış (rush) analiz hizmeti ve kapsamlı genetik danışmanlığın sürece dahil olması da fiyatlandırmada önemli rol oynar. Trio analiz yöntemi solo analize göre daha maliyetli olsa da, genetik hastalık tanısı oranını yüzde 10-15 oranında artırdığı için oldukça değerlidir. Kesin maliyetin çıkarılabilmesi için klinik ihtiyaca yönelik bireysel bir değerlendirme yapılmalıdır.

Güncel WES testi fiyatları ve ücretsiz genetik danışmanlık randevusu için hemen iletişime geçin.

WES Testi Avantaj ve Sınırlamaları

WES testi, tek bir analiz süreciyle yaklaşık 20.000 geni aynı anda tarama kapasitesine sahip olduğu için benzersiz bir tanı avantajı yaratır. Yıllarca bilinmeyen nadir hastalıkların genetik hastalık tanısı konulmasına imkan vererek hastaların tedavi sürecini aydınlatır. Ayrıca elde edilen biyoinformatik veriler gelecekte saklanabildiği için, yeni gen keşifleri yapıldığında hastadan tekrar kan almaya gerek kalmadan mevcut veriler üzerinden yeniden analiz (reanalysis) yapılabilir. Test sonuçları hem hedefe yönelik tedavilerin seçilmesine kılavuzluk eder hem de aile planlaması aşamasında taşıyıcılık risklerini ortaya koyarak güvenilir bir yol haritası sunar. Şans eseri bulunan ikincil bulgular sayesinde, hastanın farklı hastalık riskleri hakkında önceden önlem alınması mümkün hale gelir.

Ancak tüm ekzom dizileme kusursuz bir teknoloji değildir ve kendine has sınırlamaları mevcuttur. Testin tasarımından ötürü DNA’nın protein kodlamayan intronik veya düzenleyici bölgeleri hiçbir şekilde görülemez. Nörolojik sorunlara yol açabilen DNA tekrar sayısı değişimleri (repeat expansion) ve kromozomlardaki çok büyük delesyon veya duplikasyonlar bu testle kolayca saptanamaz. Vücudun sadece belirli hücrelerini etkileyen mozaik mutasyonların tespit hassasiyeti oldukça düşüktür. Ek olarak vakaların yüzde 50 ila 75’inde net bir tanı konulamaması önemli bir sınırlamadır. VUS (belirsiz öneme sahip varyant) bulgularının çıkması veya beklenmedik ikincil risklerin öğrenilmesi, hastalar ve aileleri üzerinde istenmeyen psikolojik yüklere neden olabilmektedir.

Sürecin avantajlarını ve kısıtlamalarını uzman hekimlerimizle görüşmek için iletişim formumuzu doldurabilirsiniz.

SSS (Sıkça Sorulan Sorular)

  1. WES testi ne kadar sürede sonuçlanır? Solo analiz genellikle 14-21 gün, anne-baba ve çocuğun birlikte incelendiği Trio analiz ise 21-30 gün sürer. Yenidoğan yoğun bakım gibi acil durumlarda hızlandırılmış 7-10 günlük özel hizmetler sunulabilir. Süre, laboratuvarın o anki operasyonel yoğunluğuna ve biyoinformatik veri kapasitesine göre değişiklik göstermektedir.
  2. WES ile WGS arasındaki fark nedir? WES (tüm ekzom dizileme) insan genomunun sadece protein kodlayan yüzde 1-2’lik kısmını tararken, WGS tüm DNA dizisini (yüzde 100) inceler. WES genel tanı süreçlerinde daha ekonomik ve hızlıdır. WGS ise protein kodlamayan intronları ve düzenleyici bölgeleri de analiz eder. İlk tercih genellikle WES testidir.
  3. WES negatif çıktı, hastalık yok mu demektir? HAYIR. Negatif sonuç, sadece incelenen bölgelerde bilinen bir hastalık yapıcı mutasyon bulunamadığı anlamına gelir. İntronik veya düzenleyici DNA bölgelerindeki değişimler ile henüz literatürde tam tanımlanmamış genetik varyasyonlar WES’le görülemez. Klinik şüphe sürüyorsa tüm genom dizileme (WGS) planlanabilir.
  4. Trio analiz nedir, solo’dan farkı ne? Trio analiz, anne, baba ve çocuğun genetik yapılarının eş zamanlı incelenmesidir. Mutasyonun genetik mirasını, yani ebeveynlerden mi geldiğini yoksa çocukta yeni (de novo) mi oluştuğunu net gösterir. Tanı oranı solo’ya göre yüzde 10-15 daha yüksektir. Solo analiz ise sadece hastanın incelendiği ekonomik bir alternatiftir.
  5. WES testi çocuklara zararlı mı? Hayır, kesinlikle zararı yoktur. Sadece hastanın kolundan standart bir kan örneği alınarak çalışılır. İşlem herhangi bir radyasyon içermediğinden yenidoğanlarda dahi güvenle uygulanabilir. Açıklanamayan tıbbi tablolara sahip yoğun bakımdaki bebeklerde tanı için en sık başvurulan testlerden biridir.
  6. VUS sonucu ne anlama gelir? VUS, “Belirsiz Öneme Sahip Varyant” demektir. Geninizde bir mutasyon bulunmuştur ancak mevcut tıp verilerine göre bunun hastalığınıza yol açıp açmadığı henüz kesinleşmemiştir. Kesin bir genetik hastalık tanısı koyabilmek adına ebeveyn taraması yapılması ve sonuçların zaman içinde literatür eşliğinde yeniden sınıflandırılması gerekir.
  7. İkincil bulgular nedir, öğrenmek zorunda mıyım? İkincil bulgular, test edilme amacınızla tamamen alakasız olan ama kanser yatkınlığı veya kalp krizi riski (BRCA, Lynch genleri vb.) gibi medikal önem taşıyan tespitlerdir. Test öncesi bu olası riskleri öğrenmek isteyip istemediğiniz tarafınıza sorulur ve istemediğinizi belirterek raporlatmayı reddedebilirsiniz.
  8. WES sonucu aile bireylerimi etkiler mi? Evet, etkileyebilir. Tespit edilen bir genetik mutasyon kalıtsal yolla geçiyorsa, hastalık belirtisi göstermeyen diğer yakın akrabalarınız da bu geni taşıyor olabilir. Bu nedenle uzmanlar kaskad (cascade) tarama adını verdikleri genişletilmiş aile taraması önerebilir. Özellikle üreme planı yapan aile üyeleri için çok kritiktir.