ARRAY CGH

Karyotip analizi ile kromozomların belli bir boyuttan küçük bölgelerinin değerlendirmesinin yapılması oldukça zordur. 5-10 megabaz (1 milyon baz) altındaki değişimler konvansiyonel sitogenetik yöntemlerle tespit edilemez (Resim 1). O yüzden belli rezolüsyonun üzerinde analiz gerektiren durumlarda (örneğin mikrodelesyonların tanısında) FISH (floresan in situ hibridizasyon) veya array CGH (karşılaştırmalı genomik hibridizasyon) yöntemleri tercih edilir. Array CGH, DNA temelli ve tüm kromozomal bölgeleri aynı anda inceleyebilen bir yöntem olduğu için günümüzde tanısal amaçlı olarak öncelikli tercih edilmektedir.

Tekniği FISH ile benzerdir. Yöntemin temeli, referans DNA ve incelenecek DNA’nın floresan işaretli primerler yardımıyla karşılaştırılması (hibridizasyon) esasına dayanır. Moleküler sitogenetik yöntemler grubuna girer. Kromozomların herhangi bir bölgesinde delesyon (kopma) veya duplikasyon (artma) olup olmadığına bakılır. Problem görülen bölgedeki etkilenen genlerin içeriğine ve görevlerine göre farklı klinik bulgular ortaya çıkar.

Üstünlükleri:

• Kromozomlardaki kayıp ya da kazançların doğru şekilde tespiti, güvenilirlik ve verim yüksek.
• Aynı anda birden fazla genom (DNA) karşılaştırılabilir.
• Hücre kültürüne gerek duyulmadan direk DNA eldesi ile çalışma yapılır.
• Günümüzdeki teknoloji ile rezolüsyon daha da artmıştır ve genomdaki (DNA’daki) tek baz değişimleri bile saptanabilir.

Kısıtlılıkları:

• Poliploidiler ve dengeli kromozomal taşıyıcılıklar için tanı koydurucu değildir.
• Alanında uzman kişilere ve biyoinformatik ekibine ihtiyaç vardır.

Ne zaman yapılmalı?:

• Genetik tanı konulamamış – karyotip analizi normal – spesifik bir sendroma oturmayan mental retarde veya multipl anomalili olgularda.
• Genetik tanı konulamamış – karyotip analizi normal – spesifik bir sendroma oturmayan otizm olgularıda.
• Prenatal fetal USG’de anomali gösteren karyotip analizi normal olgularda.
• Ailede şüpheli olgu öyküsü bulunanlarda (prenatal veya postnatal).
• Tekrarlayan düşük öyküsü olan ve karyotip analizi ile tanı konulamamış çiftler.
• İnfertilite öyküsü olan ve karyotip analizi ile tanı konulamamış çiftler.
• Aday gen bulma araştırmalarında.
• Popülasyon genetiği çalışmalarında.
• Kanser araştırmalarında.

Resim 1. Solda karyotip analizi ve sağda array CGH analizi görüntü örnekleri

Hazırlayan: Uzm. Dr. Esra Ataman, DNA Laboratuvarları Genetik Hastalıklar Değerlendirme Merkezi